整體性原則 農業(yè)生態(tài)系統(tǒng)是受人工控制的自然、經濟、社會的復合系統(tǒng)，制定規(guī)劃時要以生態(tài)學原理和經濟規(guī)律為指導，用系統(tǒng)、整體觀念，進行全面規(guī)劃，做好總體布局。合理安排，統(tǒng)籌兼顧，協(xié)調農業(yè)內外各部門之間的關系，發(fā)揮系統(tǒng)的整體功能，實現(xiàn)生態(tài)、經濟、社會三大效益的同步增長。
資源開發(fā)、利用和保護相結合原則 對資源不僅要合理利用，還要積極的保護，對可更新資源合理利用與增殖，對不可更新資源合理利用與保護，只有這樣，方不致于對資源的開發(fā)利用消耗超過資源再生速度，使資源得到永續(xù)利用。
因地制宜的原則 農業(yè)生態(tài)系統(tǒng)的生態(tài)環(huán)境具有多樣性和地域差異性，各地區(qū)的農業(yè)生態(tài)設計和配套技術，生態(tài)農業(yè)的建設不可能是相同的，必須根據(jù)當?shù)鼐唧w生態(tài)環(huán)境特點、自然條件和社會經濟條件，選擇農民群眾關心、見效快的項目。揚長避短，發(fā)揮地區(qū)優(yōu)勢，制定規(guī)劃，發(fā)展適合當?shù)靥攸c的類型和模式。
多業(yè)結合、集約經營原則 生態(tài)農業(yè)必須是多業(yè)結合，包括農業(yè)內部的橫向聯(lián)系和農業(yè)外部的橫向聯(lián)系，實行集約經營，揚長避短，發(fā)揮優(yōu)勢。